أسس هذا المعهد سنة 1989 على عهد سيادة المطران لطفي لحام النائي البطريركي في القدس (حالياً غبطة البطريرك غريغوريوس الثالث لحام) لتمكين طلاب الكهنوت من استكمال تحصيلهم العلمي العالي لنيل درجة البكالوريوس في الفلسفة واللاهوت والاستعداد لنيل سر الكهنوت. ولكن مع انطلاق الانتفاضة الثانية سنة 2000، تعذر وصول الطلاب من الأردن والجليل إلى المعهد، مما أدى إلى توقفه عن العمل نهائيا ً.

في سنة 2002 تمت أعمال الصيانة في المعهد لتحويله إلى نزل للحجاج، وتم ذلك، حيث تم تجهيز 25 غرفة لاستقبال الحجاج من الداخل والخارج في زمن الأب يوحنا نخول. وبدء العمل على استقبال الحجاج منذ ذلك.

يتميز بيت الضيافة بعدة أمور منها:

1- يبعد عن كنيسة المهد 1.5 كم.
2- يبعد عن محطة الباصات 200 متراً.
3- توجد كنيسة داخل المعهد.
4- حديقة خلابة.
5- كل غرفة لها حمامها الخاص بها.
6- غرف اجتماعات واسعة ومريحة.
7- امكانية عمل ورشات عمل مختلفة.
8- امكانية عمل رياضات روحية.
9- امكانية استقبال مفتوحة 24 ساعة.